家畜の育種改良は、家畜の群れを遺伝的に改善するのが目的です。遺伝的に優れた個体を選抜し、それらを交配して子をとることで、次世代の改良がすすみます。しかし、ある個体が遺伝的に優れているかは、見た目だけではわかりません。見た目によい個体がいたとして、それが遺伝によるものか、あるいは個体管理の結果かは、判断できません。また、そもそも、改良したい形質(生産量・体型・健康・繁殖性など)に、どのくらい遺伝が関与するのかは不明です。これらの「わからないこと」は、多数の個体からデータ（観測記録と血統情報）を集め、それを解析することで「わかる」ようになります。近代的な育種改良は、データを集め、個体の遺伝的性能をあらわす数値（育種価）を算出し、それに基づく選抜を繰り返すことで成立しています（図1）。
　私の研究課題は、家畜個体から得たゲノム情報（DNA検査から得たデータ）を、効果的に育種に利用することにあります。この手法はゲノミック選抜と呼ばれ、日本をはじめ世界中で研究開発が行われ、多くの品種で応用されています。この手法を使うと、生まれたばかりの若齢個体の育種価を、ある程度の精度で推定できます。これにより、若齢個体の選抜が正確になり、世代間隔の短縮が実現でき、育種サイクルが高速化します。この方法を効果的に利用するには「個体の正確な選抜」を考慮できるよう、発想を転換する必要があります（図2）。しかし、未開発の部分も多く、効果的な改良体制には移行できていません。
　私の研究室では、上に掲げた研究課題に関係する、効果的な育種手法を研究しています。
「ゲノム情報を用いた育種価の推定方法に関する研究」「大規模なデータベースを利用した統計的解析手法に関する研究」「効率的な統計的解析を行うためのソフトウエアの開発」
　題材はウシ（特に乳用牛）ですが、方法論はどの家畜種にも応用できます。

図1:育種改良は、大量のデータを解析することで実現する

図2:ゲノム情報を有効活用するには、発想の転換が必要である